Rstudio
CentOS7上に展開したjupyterRを使ってケルマックマッケンドリック微分方程式(SIRモデル)の計算をやってみようとしたところ、どうもRのパッケージ“deSolve”がつかえないようなので今度はRstudioをインストールすることに。
epelの導入
sudo yum install epel-release
インストールできるバージョンの確認
yum info R
3.6.0が利用できる。
Rのインストール
sudo yum install R
Rstudio Serverのインストール
端末操作してダウンロード。
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.1.383-x86_64.rpm
ls -laでダウンロードの場所と名前の確認。
パスを通してrpmで展開
rpm -ivh rstudio-server-rhel-1.1.383-x86_64.rpm
Rstudioサーバー起動の確認
systemctl status rstudio-server.service
でactiveになっているのを確認。
サーバーの起動と停止
停止
sudo rstudio-server stop
起動
sudo rstudio-server start
Rstudioの立ち上げ
ブラウザを開いてアドレスに以下を入力。
http://localhost:8787
Rstudioが開く。
なお上記のURLをアドレスバーに入れても起動しない場合は、アドレスバーに以下のように入力する。
http://localhost:8787/auth-sign-in/
これでパスワードが要求されるのでパスを入力してrstudiowoを立ち上げる。
irisで動作確認
irisと入力してEnter
データを表の形で表示
View(iris)
mean medianなどの要約表示
summary(iris)
データの読み込み
irisのCSVファイルがないようなのでiris.csvという名前のファイルをRstudio上で作成。次のように入力。
> write.csv(iris, "iris.csv")
これでカレントディレクトリ上にCSVファイルが作成される。
irisのCSVファイルをiris_dataに読み込む
> iris_data <- read.csv(file = "iris.csv", header = TRUE, sep = ",")
> pairs(iris_data)
ggplot2
ggplot2のインストール library("ggplot2")で読み込みし、以下のコマンドで回帰曲線表示。
> iris_regression <- ggplot(iris_data, aes(y = Petal.Length, x = Petal.Width)) + geom_point(alpha=0.5, aes(colour= Species)) + geom_smooth(method = lm)
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