RでSIRモデルA

CentOS7でRstudio

Rstudio

 

CentOS7上に展開したjupyterRを使ってケルマックマッケンドリック微分方程式(SIRモデル)の計算をやってみようとしたところ、どうもRのパッケージ“deSolve”がつかえないようなので今度はRstudioをインストールすることに。
線型代数,ベクトル解析,慣性モーメント,解析力学,微分方程式,フーリエ解析,物理学,数学

epelの導入

sudo yum install epel-release

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インストールできるバージョンの確認

線型代数,ベクトル解析,慣性モーメント,解析力学,微分方程式,フーリエ解析,物理学,数学
yum info R

 

3.6.0が利用できる。

 

Rのインストール

sudo yum install R

Rstudio Serverのインストール

端末操作してダウンロード。
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.1.383-x86_64.rpm

 

ls -laでダウンロードの場所と名前の確認。

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パスを通してrpmで展開
rpm -ivh rstudio-server-rhel-1.1.383-x86_64.rpm

Rstudioサーバー起動の確認

systemctl status rstudio-server.service
でactiveになっているのを確認。

 

サーバーの起動と停止

停止
sudo rstudio-server stop
起動
sudo rstudio-server start

Rstudioの立ち上げ

ブラウザを開いてアドレスに以下を入力。
http://localhost:8787
Rstudioが開く。

 

なお上記のURLをアドレスバーに入れても起動しない場合は、アドレスバーに以下のように入力する。
http://localhost:8787/auth-sign-in/
これでパスワードが要求されるのでパスを入力してrstudiowoを立ち上げる。

irisで動作確認

irisと入力してEnter

 

データを表の形で表示
View(iris)

 

mean medianなどの要約表示
summary(iris)

データの読み込み

irisのCSVファイルがないようなのでiris.csvという名前のファイルをRstudio上で作成。
次のように入力。
> write.csv(iris, "iris.csv")

 

これでカレントディレクトリ上にCSVファイルが作成される。

 

irisのCSVファイルをiris_dataに読み込む
> iris_data <- read.csv(file = "iris.csv", header = TRUE, sep = ",")

 

> pairs(iris_data)

 

ggplot2
ggplot2のインストール

library("ggplot2")で読み込みし、以下のコマンドで回帰曲線表示。
> iris_regression <- ggplot(iris_data, aes(y = Petal.Length, x = Petal.Width)) + geom_point(alpha=0.5, aes(colour= Species)) + geom_smooth(method = lm)


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