CentOSでjupyternotebook

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CentOS7でjupyternotebook

このセクションは当サイト管理人の備忘録のための内容になっています。CentOSでのanaconda3関係の正しいインストールに関しては他のサイトを参照してください。

最初にsuで管理者権限に入り、以下のコマンドでアップデート。

yum update -y

以下のように入力してＥｎｔｅｒ

setenforce 0

viエディタを開ける。

vi /etc/sysconfig/selinux

SELINUX=disabled

以下を入力してインストール。

yum -y install vim-enhanced

さらに以下を入力してインストール実施。

yum -y install git

Anaconda3のインストール

[root@localhost 〇〇〇]# pyenv install anaconda3-2020.07
Downloading Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh...
-> https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

Installing Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64...
Installed Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64 to /root/.pyenv/versions/anaconda3-2020.07

その他

[root@localhost 〇〇〇]# bash ./Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

Welcome to Anaconda3 2020.11

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>

pycryptodomex
A stand-alone version of pycryptodome.

libsodium
A software library for encryption, decryption, signatures, password hashing
and more.

pynacl
A Python binding to the Networking and Cryptography library, a crypto librar
y with the stated goal of improving usability, security and speed.

Last updated September 28, 2020

Do you accept the license terms? [yes|no]

Please answer 'yes' or 'no':'
>>> yes

Anaconda3 will now be installed into this location:
/root/anaconda3

- Press ENTER to confirm the location
- Press CTRL-C to abort the installation
- Or specify a different location below

[/root/anaconda3] >>>

zope pkgs/main/linux-64::zope-1.0-py38_1
zope.event pkgs/main/linux-64::zope.event-4.5.0-py38_0
zope.interface pkgs/main/linux-64::zope.interface-5.1.2-py38h7b6447c_0
zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.4.5-h9ceee32_0

Preparing transaction: done
Executing transaction: done
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>

(base) [root@localhost 〇〇〇]# jupyter --version
jupyter core : 4.6.3
jupyter-notebook : 6.1.4
qtconsole : 4.7.7
ipython : 7.19.0
ipykernel : 5.3.4
jupyter client : 6.1.7
jupyter lab : 2.2.6
nbconvert : 6.0.7
ipywidgets : 7.5.1
nbformat : 5.0.8
traitlets : 5.0.5
(base) [root@localhost 〇〇〇]#

(base) [root@localhost 〇〇〇]# jupyter --path
config:
/root/.jupyter
/root/anaconda3/etc/jupyter
/usr/local/etc/jupyter
/etc/jupyter
data:
/root/.local/share/jupyter
/root/anaconda3/share/jupyter
/usr/local/share/jupyter
/usr/share/jupyter
runtime:
/root/.local/share/jupyter/runtime
(base) [root@localhost 〇〇〇]#

(base) [root@localhost 〇〇〇]# mkdir ~/.jupyter
(base) [root@localhost 〇〇〇]# touch ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
(base) [root@localhost 〇〇〇]#

(base) [root@localhost 〇〇〇]# mkdir ~/jupyter_files
(base) [root@localhost 〇〇〇]# touch ~/jupyter_files/test.py
(base) [root@localhost 〇〇〇]#

(base) [root@localhost 〇〇〇]# ipython
Python 3.8.5 (default, Sep 4 2020, 07:30:14)
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 7.19.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

In [1]: from notebook.auth import passwd

In [2]: passwd()
Enter password:
Verify password:

バージョン確認

conda -V

rootユーザーで以下のようにしてＥｎｔｅｒ

jupyter-notebook --allow-root

ブラウザを開いてjupyternotebookを開く

上記端末画像に記されているＵＲＬ（この場合http://localhost:8888）をコピーしておく。
ブラウザを開いてＵＲＬに以下を入力。

http://localhost:8888

上記画面でtoken以下のコードを入力するかＰＣ入力でのパスワードを入力するとjupyterの画面が開くようになる。

なお再起動などをした後に上記URLを入れても起動しない場合は端末での先ほどのコマンドを入力して立ち上げるようにする。

jupyter-notebook --allow-root

動作確認

pythonはデフォルトではいっており一通りのことはできる様子。

jupyterでのRの導入

以下のように入力

conda install -c r r-essentials

終わったらjupyterを再度立ち上げ。

jupyter-notebook --allow-root

次からはRの選択肢が出てくる。

Untitleのところをクリックしリネーム。

Rが使えるようになる。

しかしながら今回のSIRモデルで使うRのパッケージ”deSolve”は現時点でインストールされるjupyterのバージョンでは使うことができないらしいので次にRstudioのインストールを行うことに。

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